首先，是病毒本身对肝脏的危害。病毒在入侵肝脏后，病毒的遗传物质会侵入肝的核内，并利用内的能量、酶类、蛋白质等营养物质进行大量的复制，然后会扩散到周围，造成不断的侵害和感染。病毒感染能使患者肝脏大量破损甚至坏，从而影响到人体肝脏的正常功能。

 

    由于病毒遗传物质存在于肝核内，这对治疗造成一定的难度，使一般的药物分子无法达到病变位清除病毒。同时病毒会持续地侵害被感染的周围，常有聚集的倾向，这一方面使肝对病毒的抵抗力下降，另一方面还使聚集起来的病毒进一步强大，更加严重地破坏肝脏组织。

 

    其次，机体的系统一旦发现病毒，会产生应答。和各种吞噬、巨噬涌向肝脏，吃掉或者杀灭发生病变的肝，使入侵的病毒无所遁形。但是系统的攻击是一种无差别攻击，它一方面确实杀灭了乙肝病毒，另一方面也大量地破坏肝，对肝脏组织产生比较严重的影响。