得到慢性丙肝的慢性感染以後，在初的十年或几十年内，大多只是轻微的肝炎变化。在追踪20-30年以後，其中有10-20%发生肝硬化，1-5%发生肝癌。当病人已经出现肝硬化的时候，发生肝癌的机会增加至每年1-4%.但是这些大多并不清楚病人得到丙肝感染的年龄，所以从发生感染到发生并发症所需要的时间并不清楚，上述的机率可能有一点高估了实际的机率。

 

    感染丙肝以後，75-85%会变成慢性肝炎。在慢性肝炎患者之中，60-70%会有肝炎的活性而表现出肝功能间歇性的异常变化，包括AST （亦即GOT）与ALT（亦即GPT）等肝脏酵素的异常升高。其余30-40%慢性感染者，肝功能持续持正常。但是即使肝功能持续正常达十二个月以上，也有些病人有慢性肝脏发炎的组织病理变化。所以要判断丙肝是否有活性，必须持续抽血检查，而不能只靠一、两次抽血的结果来判断。